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生物amp的中文名称是什么

来源:baiyundou.net   日期:2024-08-05

近日,上海真固生物科技有限公司(Shanghai Zhengu Biological Technology Co., Ltd.,以下简称“真固生物”)基于华大智造DNBSEQ-G99正式推出24小时全自动肿瘤应用解决方案。真固生物基于其SLIMamp多重扩增建库专利技术为华大智造全自动化流程开发LDT/RUO级的测序专用建库试剂盒。

本次测试,基于真固生物的多癌种59基因热点检测试剂盒(MGI平台),搭载华大智造中小通量测序仪DNBSEQ-G99、自动化提取仪MGISP-NE32和基因测序文库制备仪MGISP-100,将肿瘤检测全流程(从提取到生信分析)控制在24小时*,大幅降低了测序应用门槛,实现快速交付检测报告,以帮助快速决策参考。

24小时高通量测序全自动解决方案

材料与方法

样本提取

标准品:菁良FFPE和gDNA标准品

自动化设备:全自动核酸提取纯化仪MGISP-NE32

试剂盒:MGIEasy FFPE 基因组 DNA 提取试剂盒(NE32 预装版)

MGIEasy血液基因组DNA提取预装试剂盒(MGISP-NE32)

多重建库

自动化设备:基因测序文库制备仪MGISP-100

建库试剂盒:真固多癌种59基因热点检测试剂(MGI平台)

测序

基因测序仪DNBSEQ-G99

DNBSEQ-G99RS高通量测序试剂套装(G99 SM FCL PE150)

分析方法

真固PiVAT生信分析系统

实验流程

研究结果

下机数据下机产出136.66M reads ,Q30可达97.88%,8个样本混合pooling上机,整体拆分率99%,每个样本拆分率偏差0.9%,样本拆分均一性优异,且单样本数据量满足分析标准。质控指标真固多癌种59基因热点检测试剂(MGI平台)搭载华大智造的全自动化流程(提取、建库、测序),可实现高比对率(mapping rate)、中靶率(on target rate)和均一性(0.2x coverage)。其中G99_FFPE_SNV_1% 和 G99_FFPE_SV_1% 的0.2x coverage相对较低,可能与稀释标准品用到的阴性标准品细胞系在PTEN基因没有覆盖有一定关联。结果准确性DNBSEQ-G99在不同突变位点检出频率与理论突变频率进行对比,FFPE样本检出频率都接近理论频率。DNBSEQ-G99平台可100%检出突变频率在5%和1%的位点,搭配真固PiVAT生信分析系统,可完整得到每个位点的分析及报告的解读。结果重复性对于gDNA标准品,设置了两组重复性测试。SNV 1-25% gDNA标准品和泛癌种800 gDNA标准品的检测结果显示,所有突变均检出,重复样本的重复性较好。此结果表明DNBSEQ-G99及自动化设备MGISP-NE32和MGISP-100,对不同样本的提取、建库、测序的稳定性高。

测试总结

本次测试,充分展现真固生物多癌种59基因热点检测试剂(MGI平台)搭载华大智造DNBSEQ-G99及自动化提取设备MGISP-NE32和基因测序文库制备仪MGISP-100,性能极佳,total reads、Q30和质控指标on target rate等表现优异,且可稳定检出1%的突变频率下的位点。该方案从提取到分析全流程时间实现在24小时*,大幅降低了本地化开展肿瘤检测的门槛。肿瘤检测从传统“7-10日交付”周期正式迈入“日交付”新时代!

涉及产品信息

华大智造仪器试剂信息
货号组件名称
900-000608-00

DNBSEQ-G99ARS基因测序仪

950-000019-00

全自动核酸提取纯化仪MGISP-NE32RS

900-000070-00

基因测序文库制备仪MGISP-100RS

940-000113-00

MGIEasy FFPE 基因组 DNA 提取试剂盒(NE32 预装版)

940-000071-00MGIEasy血液基因组DNA提取预装试剂盒(MGISP-NE32)
1000005260MGIEasy 环化模块 V2.0
940-000410-00DNBSEQ-G99RS高通量测序试剂套装(G99 SM FCL PE150)
真固生物试剂信息
货号组件名称
M-PCDR0

多癌种59基因热点检测试剂(MGI平台)

菁良标准品信息
货号组件名称
GW-OPSM003

肿瘤SNV 5% FFPE 标准品

GW-OPSM002

肿瘤结构变异 5% FFPE标准品

GW-OPSM005

肿瘤野生型 FFPE 标准品

GW-OGTM800

泛肿瘤 800 gDNA 标准品 1ug/管

GW-OGTM004肿瘤SNV 1-25% gDNA标准品
GW-OGTM005肿瘤SNV 野生型 gDNA 标准品
*因样本类型不同,会有一定时间波动·

(华大智造)

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(编辑:自媒体)
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