如何使用ncbi查序列
生信工具小课堂|NCBI：保守结构域
生信工具用的好，研究发文少烦恼。小编给大家介绍下寻找蛋白质结构域的小工具，它简单高效、一键搜索。轻轻松松从蛋白质序列中挖掘出那些隐藏的宝藏——结构域信息。
什么是结构域？
结构域是蛋白质中一系列在进化中保持相对不变的功能性区域。通过在蛋白质序列中识别这些保守结构域，可以更好地理解蛋白质的功能和进化。
CD和CD-search是什么？
CD（Conserved Domain）是NCBI提供的一种用于查找保守结构域的工具。
CD-Search 的主要功能包括：
Conserved Domain Database (CDD)： CD-Search使用NCBI的Conserved Domain Database，这是一个包含已知结构域的数据库。
结构域识别： 用户可以提交蛋白质序列，CD-Search会对该序列进行分析，识别其中的保守结构域。
结构域注释： 工具提供有关查询序列中结构域的信息，包括结构域的名称、位置以及与数据库中其他蛋白质的相似性。
多模式搜索： CD-Search支持多模式搜索，用户可以选择不同的搜索模式来获取更详细的结果。
结果解释： 结果以图形和表格的形式展示，便于用户理解和解释。
CD-Search到底有多好用？
使用CD-Search 有助于研究者理解蛋白质的功能，特别是那些在不同生物中高度保守的结构域，这些结构域通常对蛋白质的基本功能起到关键作用。
干货来了，具体操作步骤如下：
输出结果：
Name： 保守结构域的名称或标识符，也可以是结构域的通用名称。
Accession： 保守结构域的数据库访问号。
Description： 保守结构域的描述性信息， 提供了关于保守结构域功能、结构和可能的生物学意义的文字描述。
Interval： 保守结构域在蛋白质序列中的起始和结束位置。
E-value： 表示匹配的期望值，E-value 越小，表示匹配更显著，更有生物学意义。
上述只能输入少量的序列，不能批量处理读入序列文件
使用Batch CD-Search
结果：
Query： 查询序列的标识符或名称。
Hit type： 表示匹配的保守结构域的类型， 可能的值包括 Domain, Family, Motif, 等，用于描述匹配的保守结构域的种类。
PSSM-ID： 保守结构域的位置特定得分矩阵 (PSSM) 的标识符。
From： 保守结构域在查询序列中的起始位置。
To： 保守结构域在查询序列中的终止位置。
E-Value： 表示匹配的期望值，值越小，匹配越显著。
Bitscore： 用于衡量匹配质量的分数，分数越高，表示匹配的质量越好。
Accession： 保守结构域的数据库访问号。
Short name： 保守结构域的简称或标识符。
Incomplete： 表示结构域是否为不完整。
Superfamily： 保守结构域所属的超家族。
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党到娄4663求助,有没有知道怎么用NCBI查基因序列,谢谢 -
赫宇放13594028895 ______ www.pubmed.gov 搜索框的下拉菜单选Nucleotide,框中输入基因名,点击Search,或按Enter键.
党到娄4663如何使用NCBI工具 -
赫宇放13594028895 ______ CDS(coding sequence)序列是编码序列,是用来编码蛋白质的那段序列. 在NCBI Nucleotide中输入你要查询的基因,点击查询的序列 在出现的结果中,有CDS 这一项,底下的核酸序列就是该基因的蛋白编码区. Enjoy it!
党到娄4663请问怎么查一个生物的基因组的全序列 -
赫宇放13594028895 ______ 假如你要查蛋白质 例:1.网址中输入NCBI,点开NCBI主页.2.在主页的右上方有可选框,选择protein,后面输入蛋白名称,如果想具体找到的话,直接输入物种加蛋白,回车即可.
党到娄4663怎样在NCBI上搜索基因序列或者是蛋白质序列? -
赫宇放13594028895 ______ 在ncbi 的search搜索框上面有下拉框选项,里面可以选基因序列(nucleotide)或者蛋白质序列(protein)
党到娄4663怎么找基因序列? -
赫宇放13594028895 ______ 我一般是在NCBI上面找,世界上有三个大的数据库,NCBI是其中一个,美国的,这个我觉得是最好的.在上边查找基因序列方法是: 首先打开NCBI网站首页,然后在search一栏中选择nucleotide,在框中输入你要的基因序列名称,点击search...
党到娄4663如何使用ncbi找到直系同源序列 -
赫宇放13594028895 ______ 打开NCBI 百度搜索键入“NCBI”,点击“搜索”,第一个就是官方主页,点击打开. 关键字查找 以H9亚型流感病毒HA基因下载为例,说明详细过程. 既然要下载基因序列,需要在栏目内找到“Nucleotide”,搜索栏内填入“Avian influenza ...
党到娄4663如何在NCBI上查到某个给定基因的序列,并且在序列中清楚的显示出其中的外显子和内含子? -
赫宇放13594028895 ______ 在NCBI上的OMIM数据库输入基因名,在TITLE上就会显示它的学名. 用学名检索基因是比较靠谱的.建议用ENSEMBL找基因,显示其外显子和内含子.进入ENSEMBL的方法有两种,1.NCBI上进入基因的检索条以后,summary里会有相应的ENSEMBL的链接(see related);2.直接进入ENSEMBL主页检索该基因.进入基因的检索条以后,点左侧的CDNA和EXONS就能相应地看到转录本的注释信息,包括外显子和内含子的注释,5'和3'UTR的注释,和密码子的注释.
党到娄4663如何在ncbi上查找基因的mRNA产物 -
赫宇放13594028895 ______[答案] 在NCBI主页,在All database 下拉选择Nucleotide,然后输入你要查找的基因名,出来的页面右侧筛选Homo...等等,意思是筛选显示人的,然后对照你要找的基因的转录本号,点FASTA,就会出来你要找的mRNA序列
党到娄4663如何在ncbi上查找免疫球蛋白基因全部序列 -
赫宇放13594028895 ______ 进入NCBI的首页先选择你要的是全序列还是EST然后就输入你要的基因名最好是英文的.进行筛选就行了.不动可以再问很简单.
党到娄4663怎样在ncbi中查找基因组序列 -
赫宇放13594028895 ______ 怎样在ncbi中查找基因组序列 启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列.包含核心启动子区域和调控区域.核心启动子区域产生基础水平的转录,调控区域能够对不同的环境条件作出应答,对基因的表达水平做出相应的调节. 区域:启动子的范围非常大,可以包含转录起始位点上游2000bp,有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点,因此也属于启动子范围.