蛋白质结构域有哪些

生信工具小课堂|NCBI：保守结构域

生信工具用的好，研究发文少烦恼。小编给大家介绍下寻找蛋白质结构域的小工具，它简单高效、一键搜索。轻轻松松从蛋白质序列中挖掘出那些隐藏的宝藏——结构域信息。

什么是结构域？

结构域是蛋白质中一系列在进化中保持相对不变的功能性区域。通过在蛋白质序列中识别这些保守结构域，可以更好地理解蛋白质的功能和进化。

CD和CD-search是什么？

CD（Conserved Domain）是NCBI提供的一种用于查找保守结构域的工具。

CD-Search 的主要功能包括：

Conserved Domain Database (CDD)： CD-Search使用NCBI的Conserved Domain Database，这是一个包含已知结构域的数据库。

结构域识别： 用户可以提交蛋白质序列，CD-Search会对该序列进行分析，识别其中的保守结构域。

结构域注释： 工具提供有关查询序列中结构域的信息，包括结构域的名称、位置以及与数据库中其他蛋白质的相似性。

多模式搜索： CD-Search支持多模式搜索，用户可以选择不同的搜索模式来获取更详细的结果。

结果解释： 结果以图形和表格的形式展示，便于用户理解和解释。

CD-Search到底有多好用？

使用CD-Search 有助于研究者理解蛋白质的功能，特别是那些在不同生物中高度保守的结构域，这些结构域通常对蛋白质的基本功能起到关键作用。

干货来了，具体操作步骤如下：

输出结果：

Name： 保守结构域的名称或标识符，也可以是结构域的通用名称。

Accession： 保守结构域的数据库访问号。

Description： 保守结构域的描述性信息， 提供了关于保守结构域功能、结构和可能的生物学意义的文字描述。

Interval： 保守结构域在蛋白质序列中的起始和结束位置。

E-value： 表示匹配的期望值，E-value 越小，表示匹配更显著，更有生物学意义。

上述只能输入少量的序列，不能批量处理读入序列文件

使用Batch CD-Search    

结果：

Query： 查询序列的标识符或名称。

Hit type： 表示匹配的保守结构域的类型， 可能的值包括 Domain, Family, Motif, 等，用于描述匹配的保守结构域的种类。

PSSM-ID： 保守结构域的位置特定得分矩阵 (PSSM) 的标识符。

From： 保守结构域在查询序列中的起始位置。

To： 保守结构域在查询序列中的终止位置。

E-Value： 表示匹配的期望值，值越小，匹配越显著。

Bitscore： 用于衡量匹配质量的分数，分数越高，表示匹配的质量越好。

Accession： 保守结构域的数据库访问号。

Short name： 保守结构域的简称或标识符。

Incomplete： 表示结构域是否为不完整。

Superfamily： 保守结构域所属的超家族。

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季琼炒15223471480 ______ 蛋白质的化学结构 1、蛋白质的一级结构:即蛋白质分子中氨基酸的排列顺序. 主要化学键:肽键,有些蛋白质还包含二硫键. 2、蛋白质的高级结构:包括二级、三级、四级结构. 1)蛋白质的二级结构:指蛋白质分子中某一段肽链的局部...

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季琼炒15223471480 ______[答案] 一、蛋白质的分子组成 二、蛋白质的分子结构 (一)氨基酸在蛋白质分子中的连接方式 1.肽键 蛋白质分子中的氨基酸之间是通过肽键相连的,—个氨基酸的α-羧基与另一个氨基酸的α-氨基脱水缩合,即形成肽键(酰胺键,图2-1-2). 2.肽与多肽链 ...

仇佳顷4975结构域是什么意思啊? -
季琼炒15223471480 ______ 结构域名词解释:生物大分子中具有特异结构和独立功能的区域,特别指蛋白质中这样的区域. 在球形蛋白中,结构域具有自己特定的四级结构,其功能部依赖于蛋白质分子中的其余部分,但是同一种蛋白质中不同结构域间常可通过不具二级结构的短序列连接起来.蛋白质分子中不同的结构域常由基因的不同外显子所编码. 结构域突变 按权利要求2所述的中国明对虾抗脂多糖因子LBD结构域突变体文库的构建方法,其特征在于大肠杆菌感受态细胞为大肠杆菌DH5a. 一种权利要求1所述的中国明对虾抗脂多糖因子LBD结构域突变体文库的应用,其特征在于所述文库在用于筛选以中国明对虾抗脂多糖因子LBD结构域,为基本骨架的抗菌活 性多肽中的应用.

仇佳顷4975结构域名词解释? -
季琼炒15223471480 ______ 结构域( domain)是位于超二级结构和三级结构间的一个层次.结构域是在蛋白质的三级结构内的独立折叠单元,通常都是几个超二级结构单元的组合.

仇佳顷4975什么是保守结构域?有什么主要特征? -
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仇佳顷4975什么是蛋白质的空间结构 -
季琼炒15223471480 ______ 蛋白质的分子结构可划分为四级,以描述其不同的方面:1、一知级结构:组成蛋白质多肽链的线性氨基酸序列.2、二级结构:依靠不同氨基酸之间的C=O和N-H基团间的氢键形成的稳定结构,主要为α螺旋和β折叠道.3、三级结构:通过多个二级结构元素在三维空间的排列所形成的一个蛋白版质分子的三维结构.4、四级结构:用于描述由不同多肽链(亚基)间相互作用形成具有功能的蛋白质复合物分子.扩展资料:蛋白质的作用1、构成生物体内基本物质,为生长及维持生命所必需;2、部分蛋白质可作为生物催化剂,即酶和激素;3、生物的权免疫作用所必需的物资;4、有些蛋白质会导致食物过敏.参考资料来源:搜狗百科-蛋白质 参考资料来源:搜狗百科-蛋白质结构