蛋白质结构域的意义
生信工具小课堂|NCBI：保守结构域
生信工具用的好，研究发文少烦恼。小编给大家介绍下寻找蛋白质结构域的小工具，它简单高效、一键搜索。轻轻松松从蛋白质序列中挖掘出那些隐藏的宝藏——结构域信息。
什么是结构域？
结构域是蛋白质中一系列在进化中保持相对不变的功能性区域。通过在蛋白质序列中识别这些保守结构域，可以更好地理解蛋白质的功能和进化。
CD和CD-search是什么？
CD（Conserved Domain）是NCBI提供的一种用于查找保守结构域的工具。
CD-Search 的主要功能包括：
Conserved Domain Database (CDD)： CD-Search使用NCBI的Conserved Domain Database，这是一个包含已知结构域的数据库。
结构域识别： 用户可以提交蛋白质序列，CD-Search会对该序列进行分析，识别其中的保守结构域。
结构域注释： 工具提供有关查询序列中结构域的信息，包括结构域的名称、位置以及与数据库中其他蛋白质的相似性。
多模式搜索： CD-Search支持多模式搜索，用户可以选择不同的搜索模式来获取更详细的结果。
结果解释： 结果以图形和表格的形式展示，便于用户理解和解释。
CD-Search到底有多好用？
使用CD-Search 有助于研究者理解蛋白质的功能，特别是那些在不同生物中高度保守的结构域，这些结构域通常对蛋白质的基本功能起到关键作用。
干货来了，具体操作步骤如下：
输出结果：
Name： 保守结构域的名称或标识符，也可以是结构域的通用名称。
Accession： 保守结构域的数据库访问号。
Description： 保守结构域的描述性信息， 提供了关于保守结构域功能、结构和可能的生物学意义的文字描述。
Interval： 保守结构域在蛋白质序列中的起始和结束位置。
E-value： 表示匹配的期望值，E-value 越小，表示匹配更显著，更有生物学意义。
上述只能输入少量的序列，不能批量处理读入序列文件
使用Batch CD-Search
结果：
Query： 查询序列的标识符或名称。
Hit type： 表示匹配的保守结构域的类型， 可能的值包括 Domain, Family, Motif, 等，用于描述匹配的保守结构域的种类。
PSSM-ID： 保守结构域的位置特定得分矩阵 (PSSM) 的标识符。
From： 保守结构域在查询序列中的起始位置。
To： 保守结构域在查询序列中的终止位置。
E-Value： 表示匹配的期望值，值越小，匹配越显著。
Bitscore： 用于衡量匹配质量的分数，分数越高，表示匹配的质量越好。
Accession： 保守结构域的数据库访问号。
Short name： 保守结构域的简称或标识符。
Incomplete： 表示结构域是否为不完整。
Superfamily： 保守结构域所属的超家族。
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茅梵伦1447结构域承担生物学功能是指具有生物学活性吗 -
辛子贴17898159574 ______ 承担生物学功能不一定是指完整的生物活性,经常是一种具体的功能,是完整生物活性的一部分.比如转录因子,一般都具有DNA结合域(DNA binding domain)和转录激活域(activating domain),前者负责识别DNA的特定区域并与之结合;后者促进转录起始.二者结合起来才具有完整的生物功能.象酶的底物结合中心与催化中心一样,分开各有各的功能,合起来才有完整活性.不过这两者经常是在一起的.
茅梵伦1447蛋白质结构域存在每一种蛋白质中这句话对不对?why?
辛子贴17898159574 ______ 不对.域是指在超二级结构基础上组装而成的,多肽链折叠成近乎球状的组装体,这种相对独立的三维实体叫结构域,而有些简单的蛋白质没有三级结构.
茅梵伦1447蛋白质的分子结构有何特点,它在生命活动中有何重要作用 -
辛子贴17898159574 ______ 蛋白质分子具备一级结构:种类,数量,序列.二级结构:螺旋,转角.三级结构:空间结构,结构域:螺旋-螺旋,螺旋-转角-螺旋,不规则结构等,四级结构:辅基,辅酶等相互嵌合成的结构.功能:结构蛋白、运输作用(血红蛋白)、调节作用(胰岛素)、催化作用、免疫作用.
茅梵伦1447生物化学有哪些内容? -
辛子贴17898159574 ______[答案] 生物化学式用化学的原理和方法,研究生命现象的学科.通过研究生物体的化学组成、代谢、营养、酶功能、遗传信息传递、... 蛋白质分子的结构分4个层次,其中二级和三级结构间还可有超二级结构,三、四级结构之间可有结构域.结构域是个较紧密...
茅梵伦1447举例说明蛋白质结构功能关系 -
辛子贴17898159574 ______ 一、蛋白质的分子组成二、蛋白质的分子结构(一)氨基酸在蛋白质分子中的连接方式1.肽键蛋白质分子中的氨基酸之间是通过肽键相连的,—个氨基酸的α-羧基与另一个氨基酸的α-氨基脱水缩合...
茅梵伦1447怎样简单的解释热蛋白结构域的主要功能?
辛子贴17898159574 ______ 热蛋白样结构域和CARD结构域是具有六螺旋的死亡结构域超家族的成员,它们调节凋亡和炎症信号途径中的信号传递复合物,是甲基化诱导的沉默子1的靶向物,并在41%的胸部肿瘤中处于失活状态
茅梵伦1447为什么要进行蛋白质空间结构预测 -
辛子贴17898159574 ______ 研究蛋白质的结构意义重大,分析蛋白质结构、功能及其关系是蛋白质组计划中的一个重要组成部分. 预测蛋白质结构,有助于了解蛋白质的作用,了解蛋白质如何行使其生物功能,认识蛋白质与蛋白质或其它分子之间的相互作用,这无论是对于生物学还是对于医学和药学,都是非常重要的.对于未知功能或者新发现的蛋白质分子,通过结构分析,可以进行功能注释,指导设计进行功能确认的生物学实验.通过分析蛋白质的结构,确认功能单位或者结构域,可以为遗传操作提供目标,为设计新的蛋白质或改造已有蛋白质提供可靠的依据,同时为新的药物分子设计提供合理的靶分子结构.
茅梵伦1447蛋白质的空间结构和功能的关系 -
辛子贴17898159574 ______ 蛋白质分子空间结构和功能的关系 蛋白质分子空间结构和其性质及生理功能的关系也十分密切.不同的蛋白质,正因为具有不同的空间结构,因此具有不同的理化性质和生理功能.如指甲和毛发中的角蛋白,分子中含有大量的α-螺旋二级结构,...
茅梵伦1447【求教】关于蛋白质结构域与酶活性中心的区别与联系 -
辛子贴17898159574 ______ 活性中心是其中一个结构域?有时可以这么说.不过,大部分时间,活性中心小很多,而且包含了其他基团,比如糖基.这些并没有严格意义的,都是习惯称呼.