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生信工具小课堂|NCBI：保守结构域

生信工具用的好，研究发文少烦恼。小编给大家介绍下寻找蛋白质结构域的小工具，它简单高效、一键搜索。轻轻松松从蛋白质序列中挖掘出那些隐藏的宝藏——结构域信息。

什么是结构域？

结构域是蛋白质中一系列在进化中保持相对不变的功能性区域。通过在蛋白质序列中识别这些保守结构域，可以更好地理解蛋白质的功能和进化。

CD和CD-search是什么？

CD（Conserved Domain）是NCBI提供的一种用于查找保守结构域的工具。

CD-Search 的主要功能包括：

Conserved Domain Database (CDD)： CD-Search使用NCBI的Conserved Domain Database，这是一个包含已知结构域的数据库。

结构域识别： 用户可以提交蛋白质序列，CD-Search会对该序列进行分析，识别其中的保守结构域。

结构域注释： 工具提供有关查询序列中结构域的信息，包括结构域的名称、位置以及与数据库中其他蛋白质的相似性。

多模式搜索： CD-Search支持多模式搜索，用户可以选择不同的搜索模式来获取更详细的结果。

结果解释： 结果以图形和表格的形式展示，便于用户理解和解释。

CD-Search到底有多好用？

使用CD-Search 有助于研究者理解蛋白质的功能，特别是那些在不同生物中高度保守的结构域，这些结构域通常对蛋白质的基本功能起到关键作用。

干货来了，具体操作步骤如下：

输出结果：

Name： 保守结构域的名称或标识符，也可以是结构域的通用名称。

Accession： 保守结构域的数据库访问号。

Description： 保守结构域的描述性信息， 提供了关于保守结构域功能、结构和可能的生物学意义的文字描述。

Interval： 保守结构域在蛋白质序列中的起始和结束位置。

E-value： 表示匹配的期望值，E-value 越小，表示匹配更显著，更有生物学意义。

上述只能输入少量的序列，不能批量处理读入序列文件

使用Batch CD-Search    

结果：

Query： 查询序列的标识符或名称。

Hit type： 表示匹配的保守结构域的类型， 可能的值包括 Domain, Family, Motif, 等，用于描述匹配的保守结构域的种类。

PSSM-ID： 保守结构域的位置特定得分矩阵 (PSSM) 的标识符。

From： 保守结构域在查询序列中的起始位置。

To： 保守结构域在查询序列中的终止位置。

E-Value： 表示匹配的期望值，值越小，匹配越显著。

Bitscore： 用于衡量匹配质量的分数，分数越高，表示匹配的质量越好。

Accession： 保守结构域的数据库访问号。

Short name： 保守结构域的简称或标识符。

Incomplete： 表示结构域是否为不完整。

Superfamily： 保守结构域所属的超家族。

姬言马1973如何登陆gene bank? -
衡孙庭18799122872 ______ NCBI主页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 打开后点击左侧的GenBank 就是这个页面 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html 可以查询基因序列了

姬言马1973如何在NCBI上查找某个基因的序列? -
衡孙庭18799122872 ______ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 打开后在Search中选择Nucleotide 再在下面输入FRAT1点击Search即可 也可输入具体的物种名 以缩小范围.

姬言马1973NCBI上能查mRNA序列吗,是不是只能查到对应cDNA的序列,如果能直接查到mRNA序列的话,能否告知一下怎么查? -
衡孙庭18799122872 ______ 如果你在NCBI查到一个基因,在summary栏目的下面紧接着就是一个叫做“Genomic regions, transcripts, and products”的栏目,是一个图,左侧有蓝色的小字“NM_………”,这个是mRNA的链接,点击会有下拉列表,选择FASTA格式,会显示序列,但是U都用T表示,可以自己换过来;右侧有红色小字“NP_……”是蛋白质,同样的方法可查.除非是在查不到,否则最好不要随便拿cDNA用U替换T.

姬言马1973怎么从NCBI上查某个基因序列?
衡孙庭18799122872 ______ 1 打开NCBI主页 2 左边search里面选择GENE 右边的对话框里输入你想要的基因名称 3 在出来的所有条目第一行后面都有种属表明,比如Homo sapiens是人Felis catus是猫.选择你想要的种属. 4 再出现的页面中找到那个像数轴的图,在左侧有可以点击的蓝色数字,往往开头有AK、NM的开头,点击它,再出现的下拉框里选择GENEBANK. 5 最下面就是他的基因序列 当然也可以参考页面上提供的CDS区域范围来看.

姬言马1973如何在NCBI上下载资料
衡孙庭18799122872 ______ 这个问题涉及到NCBI的核心价值——数据共享.从NCBI创建之初她就是为用户”下载“数据而存在.历经近30年的发展,其提供的数据共享的方式也经历了诸多的改变.下面以提供数据共享的技术方式来逐一陈述:1 FTP FTP是File Transfer ...

姬言马1973在CNBI上怎么查询基因序列
衡孙庭18799122872 ______ 你确定是CNBI而不是NCBI? 如果在NCBI查询基因序列,选择NCBI首页的Genome选项,再输入要查询的序列名,链接之后,选择需要的物种就行! 如果是动物的序列,你也可以坐在ensemble上查询,直接输入要查询的基因名称再选择查询的物种就可以进入界面,然后直接点击出现的链接就可以!

姬言马1973ncbi上的blast序列比对工具怎么使用,求具体操作指南.
衡孙庭18799122872 ______ 1)输入fasta格式序列 2)选择核算比对

姬言马1973怎样在NCBI上查找基因的cDNA序列 -
衡孙庭18799122872 ______ 登录NCBI后,在下拉框中选择核酸,然后输入你需要查找的基因,在显示的信息下面点击cds,就是该基因的mRNA,也就是cDNA的其中一条链

姬言马1973ncbi 蛋白质比对结果后会有保守域的预测,其中specific hit/non - specific hit -
衡孙庭18799122872 ______[答案] 以下是英文解释: specific hits meet or exceed a domain-specific e-value threshold (illustrated example) and represent a very high confidence that the query sequence belongs to the same protein family as the sequences use to create the domain model ...

姬言马1973NCBI有多少数据库,分别有什么作用 -
衡孙庭18799122872 ______ 在生物医学信息学领域,数据库和服务的定义与计算机领域有很大的不同,如果要问NCBI过去,现在或将来会有多少数据库,恐怕连NCBI自己都说不清楚.要是一个一个数据库讲下来,9999个字肯定不够用.这里有一个列表供您参考http://...