多序列比对网站

屈哗忠2656细菌16S rDNA 序列比对,谢谢 -
花孔非13567168527 ______ 这么说吧,NCBI是个乱七八糟的地方,很多序列是不可信的.你只看匹配率就行了,其他不用管.比如我分离得到的一个新的细菌,比对之后发现最相近的是是E.coli,但是其实相似度最高也不过92%,换句话说,我分离得到的这个细菌根本不...

屈哗忠2656clustalw怎么使用啊(尤其是第二段序列放哪)?有没有可以进行mRNA序列比对的软件?多谢了
花孔非13567168527 ______ clustalw是那种命令行格式的吧?这种不容易用,还是换个windows版的吧,比如clustalX,或者在线比对也行,比如http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/.一般都是把几个序列做成一个文件或者贴到一个窗口,FASTA格式.

屈哗忠2656生物信息学一些基本的常用软件有哪些 -
花孔非13567168527 ______ 序列拼接软件:velvet,SOAPdenvoo,SSAKE,ABySS,Trinity 等 短序列比对软件: bwa,bowtie,tophat,SOAPAligner 等 局部比对软件:Blast,blat,CorssMatch 等 多序列全局比对软件:Muscle,clustalw 等 基因预测软件:Glimmer,GeneMark,Augustus,FgeneSH,SNAP,GeneScan,EuGENE,Glean等 重复序列预测软件:RepeatMasker,TRF等 聚类软件:MCL,hcluster_sg等 统计软件:pLINK,TASSEL,R,SPSS等

屈哗忠2656生物信息学资源有哪些? -
花孔非13567168527 ______ BioEdit软件,它爆炸的功能,你想从互联网上下载的数据库,然后导入了sp1,sp2,sp3,可以做局部爆炸,具体你上网查查用户手册.

屈哗忠2656MegAlign,ClustalX和MUSCLE三种方法的结果是否存在差异 -
花孔非13567168527 ______ MegAlign,ClustalX和MUSCLE三种方法的结果基本相似,差异不大.MegAlign,ClustalX和MUSCLE都属于多序列比对的方法,ClustalX用的是累进算法进行比对,MUSCLE用的是迭代方法进行比对运算, MegAlign是累进和迭带都可以用.累进...

屈哗忠2656咨询怎么研究一个已知的基因看其是否转录,翻译 -
花孔非13567168527 ______ 第一个问题:要看你的个人需要和方向了,根据不同的要求选择不同扩增方式,首先如果你扩增原核生物基因,那就是要的基因DNA序列的ORF区,从ATG到TAA,因为原核基因一般没有内含子,只需从基因组中扩即可;如果你要克隆表达真核...

屈哗忠2656如何用blast 发现新基因 -
花孔非13567168527 ______ BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对.BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列. BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上发表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列...

屈哗忠2656phyml软件怎么使用 -
花孔非13567168527 ______ 找相似序列一般通过NCBI网站上的BLAST搜索就可以了,您所提交的序列应该为Fasta格式: >name aattccggaattccgg 关于系统发育树的构建: 多序列比对建议用ClustalX 建NJ或MP树,用MEGA就可以了,非常方便 若要建ML树推荐用phyML ...