ncbi网站
生信工具小课堂|NCBI:保守结构域
生信工具用的好,研究发文少烦恼。小编给大家介绍下寻找蛋白质结构域的小工具,它简单高效、一键搜索。轻轻松松从蛋白质序列中挖掘出那些隐藏的宝藏——结构域信息。
什么是结构域?
结构域是蛋白质中一系列在进化中保持相对不变的功能性区域。通过在蛋白质序列中识别这些保守结构域,可以更好地理解蛋白质的功能和进化。
CD和CD-search是什么?
CD(Conserved Domain)是NCBI提供的一种用于查找保守结构域的工具。
CD-Search 的主要功能包括:
Conserved Domain Database (CDD): CD-Search使用NCBI的Conserved Domain Database,这是一个包含已知结构域的数据库。
结构域识别: 用户可以提交蛋白质序列,CD-Search会对该序列进行分析,识别其中的保守结构域。
结构域注释: 工具提供有关查询序列中结构域的信息,包括结构域的名称、位置以及与数据库中其他蛋白质的相似性。
多模式搜索: CD-Search支持多模式搜索,用户可以选择不同的搜索模式来获取更详细的结果。
结果解释: 结果以图形和表格的形式展示,便于用户理解和解释。
CD-Search到底有多好用?
使用CD-Search 有助于研究者理解蛋白质的功能,特别是那些在不同生物中高度保守的结构域,这些结构域通常对蛋白质的基本功能起到关键作用。
干货来了,具体操作步骤如下:
输出结果:
Name: 保守结构域的名称或标识符,也可以是结构域的通用名称。
Accession: 保守结构域的数据库访问号。
Description: 保守结构域的描述性信息, 提供了关于保守结构域功能、结构和可能的生物学意义的文字描述。
Interval: 保守结构域在蛋白质序列中的起始和结束位置。
E-value: 表示匹配的期望值,E-value 越小,表示匹配更显著,更有生物学意义。
上述只能输入少量的序列,不能批量处理读入序列文件
使用Batch CD-Search
结果:
Query: 查询序列的标识符或名称。
Hit type: 表示匹配的保守结构域的类型, 可能的值包括 Domain, Family, Motif, 等,用于描述匹配的保守结构域的种类。
PSSM-ID: 保守结构域的位置特定得分矩阵 (PSSM) 的标识符。
From: 保守结构域在查询序列中的起始位置。
To: 保守结构域在查询序列中的终止位置。
E-Value: 表示匹配的期望值,值越小,匹配越显著。
Bitscore: 用于衡量匹配质量的分数,分数越高,表示匹配的质量越好。
Accession: 保守结构域的数据库访问号。
Short name: 保守结构域的简称或标识符。
Incomplete: 表示结构域是否为不完整。
Superfamily: 保守结构域所属的超家族。
","gnid":"93bd9955397f51146","img_data":[{"flag":2,"img":[{"desc":"","height":"590","title":"","url":"https://p0.ssl.img.360kuai.com/t013fcba7b0f83f81fe.png","width":"642"},{"desc":"","height":463,"title":"","url":"https://p0.ssl.img.360kuai.com/t014560283f8f0612cd.jpg","width":1210},{"desc":"","height":"569","title":"","url":"https://p0.ssl.img.360kuai.com/t01771b3858efce82c0.png","width":"1292"},{"desc":"","height":"628","title":"","url":"https://p0.ssl.img.360kuai.com/t0196a8398e2c5d143e.png","width":"1262"},{"desc":"","height":"519","title":"","url":"https://p0.ssl.img.360kuai.com/t014bfdd581e2eaf6a6.png","width":"1283"}]}],"original":0,"pat":"art_src_0,fts0,sts0","powerby":"cache","pub_time":1700626270000,"pure":"","rawurl":"http://zm.news.so.com/c07f5cea0e1ab7175e3375cc6a1f86d6","redirect":0,"rptid":"ed87023364397c7a","rss_ext":[],"s":"t","src":"集思慧远医学","tag":[{"clk":"ktechnology_1:蛋白质","k":"蛋白质","u":""}],"title":"生信工具小课堂 NCBI:保守结构域
封舒窦1078谁知道怎样在NCBI中找数据库? -
濮桑茗17327993779 ______ NCBI 分类学数据库(taxonomy database)不是分类学或系统发育信息的信息源(primary source),而且也没有自己的一套完整的分类学系统,相反它只是努力整合各种各样来源的系统发育和分类学的知识,包括发表的文献、基于网络的数据...
封舒窦1078怎么从NCBI上查某个基因序列?
濮桑茗17327993779 ______ 1 打开NCBI主页 2 左边search里面选择GENE 右边的对话框里输入你想要的基因名称 3 在出来的所有条目第一行后面都有种属表明,比如Homo sapiens是人Felis catus是猫.选择你想要的种属. 4 再出现的页面中找到那个像数轴的图,在左侧有可以点击的蓝色数字,往往开头有AK、NM的开头,点击它,再出现的下拉框里选择GENEBANK. 5 最下面就是他的基因序列 当然也可以参考页面上提供的CDS区域范围来看.
封舒窦1078NCBI上能查mRNA序列吗,是不是只能查到对应cDNA的序列,如果能直接查到mRNA序列的话,能否告知一下怎么查? -
濮桑茗17327993779 ______ 如果你在NCBI查到一个基因,在summary栏目的下面紧接着就是一个叫做“Genomic regions, transcripts, and products”的栏目,是一个图,左侧有蓝色的小字“NM_………”,这个是mRNA的链接,点击会有下拉列表,选择FASTA格式,会显示序列,但是U都用T表示,可以自己换过来;右侧有红色小字“NP_……”是蛋白质,同样的方法可查.除非是在查不到,否则最好不要随便拿cDNA用U替换T.
封舒窦1078如何使用ncbi查找某一基因的dna序列 -
濮桑茗17327993779 ______ 打开NCBI的首页,在下拉菜单中选中gene,输入你需要找的基因的名称,点击搜索就可以了
封舒窦1078NCBI有多少数据库,分别有什么作用 -
濮桑茗17327993779 ______ 在生物医学信息学领域,数据库和服务的定义与计算机领域有很大的不同,如果要问NCBI过去,现在或将来会有多少数据库,恐怕连NCBI自己都说不清楚.要是一个一个数据库讲下来,9999个字肯定不够用.这里有一个列表供您参考http://...
封舒窦1078有哪些网址可以做生物题的?
濮桑茗17327993779 ______ 这个网站提供了Gel Electrophoresis和DNA Microarray的详细操作步骤,并有许多注意事项和原理的讲解,更厉害的是可以让你亲自动手操作,不行就进去看看吧
封舒窦1078网上的生物信息学资源都有哪些 -
濮桑茗17327993779 ______ 生物信息学高度依赖于网络.实际上,你需要的几乎所有资源,都可以从网上下到.你需要关注你研究领域所需要的那些,而不是全部的资源.我原来常用的:NCBI:持有INSDC的节点.网站上有核酸、蛋白、基因名、基因组名等等的搜索工...
封舒窦1078http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=Retrieve&db=PubMed&list - uids=10875258&dopt=Abstract -
濮桑茗17327993779 ______ 从网页上点击右上角这个图标就行啦 这是篇免费文献