怎么用blast查基因序列
禄股芸1754dna测序用BLAST方法? -
曲晴毅19626936368 ______ BLAST是用来比对序列的相似度的.
禄股芸1754如何在NCBI中进行基因序列比对,比如小鼠p53基因与人类p53基因的比对 -
曲晴毅19626936368 ______ 首先找到小鼠和人类p53基因的序列,然后进ncbi首页,里面靠右的位置popular resources下第一个选项“blast”,打开以后,找“nucleotide blast”.进到那个页面有个框就是让你输序列的,如果要比对两个序列的话,要勾选下面的一个小的单选框“Align two or more sequences ”.就会出现两个框,分别输入人和小鼠的序列.点最下面大大的“blast”按钮,就可以了. 希望对你有帮助,欢迎追问~
禄股芸1754生物信息学菜鸟问:已知一基因,怎样查询它有几个exon;已知一个snp位于外显子上,如何查询它为于几号exon -
曲晴毅19626936368 ______ 进入NCBI网站,点击BLAST,进入后,按照提示输入已知基因的序列,然后进行BLAST(比对的意思). 结果会告诉你有很多基因跟这个基因同源,只是同源度不同而已. 然后你选择同源度为100%的那个基因,点击进去后,会告诉你这个基因的详细信息. 比如,有几个外显子,几个内含子,分别位于基因的什么位置等等. 查询SNP方法同上,在得到BLAST结果后,仔细查看比对的结果,会发现这个SNP所处的位置,然后看这个位置在哪个外显子上就可以了. 生物信息学中每个问题的答案多种多样,你要自己多去尝试,找到适合自己的方法.
禄股芸1754如何在基因组序列中查找目的基因 -
曲晴毅19626936368 ______ 一:先要知道你要的是什么基因,也就是什么部位的,如线粒体里的等等 二:调取近缘种相关基因的序列. 三:在NCBI里做一个BLAST. 四:选取所要基因的保守序列. 五:在BioEdit生物分析软件里查找所需的DNA序列即可!!!
禄股芸1754已知蛋白质序列和相应的mRNA序列,如何知道这段序列的基因 -
曲晴毅19626936368 ______ 最简单的办法:用BLAST工具 你不知是到蛋白质序列,在NCBI 用该蛋白质序列在BLAST数据库,进行blast,可以找出基因序列. 或将之转换为cDNA序列. 用cDNA去BLAST 都能找到你所想要的基因序列.
禄股芸1754你好,我想找一个基因序列进行分析,我该去哪找? -
曲晴毅19626936368 ______ 首先请问你是手里有序列想如何分析呢,还是要完成个作业需要先找一个基因序列呢?如果是前者,你可以先进NCBI,在popular resource里选blast,把这个序列进行blast,找出在数据库中这个基因的位置.然后关于这个基因会在数据库中有一...
禄股芸1754如何在NCBI上查到某个给定基因的序列,并且在序列中清楚的显示出其中的外显子和内含子? -
曲晴毅19626936368 ______ 在NCBI上的OMIM数据库输入基因名,在TITLE上就会显示它的学名. 用学名检索基因是比较靠谱的.建议用ENSEMBL找基因,显示其外显子和内含子.进入ENSEMBL的方法有两种,1.NCBI上进入基因的检索条以后,summary里会有相应的ENSEMBL的链接(see related);2.直接进入ENSEMBL主页检索该基因.进入基因的检索条以后,点左侧的CDNA和EXONS就能相应地看到转录本的注释信息,包括外显子和内含子的注释,5'和3'UTR的注释,和密码子的注释.
禄股芸1754知道actin引物序列怎么查片段大小 -
曲晴毅19626936368 ______ 进入NCBI网站,点击BLAST,输入一段引物序列,进行BLAST,会得到一些与之匹配的基因;然后再用另一段引物序列进行BLAST.比较两次结果,找到引物所匹配的基因,BLAST的时候会告诉你...
禄股芸1754BLAST怎么看是不是目的基因 -
曲晴毅19626936368 ______ 把两条引物输入,用blastn搜索,输出结果按相似性程度由高到低排列.包括相似序列的名字、位置,如果单独从名字无法看出基因情况,再链接到该序列的信息去查看. 如果你是要验证引物的特异性,就要看看,是不是相似性高的非目标区域出现.
禄股芸1754怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似 -
曲晴毅19626936368 ______ Bioedit提供了本地blast工具(菜单里的local blast 功能),如图一. 你需要把基因组数据做成本地数据库,使用菜单里的create a local nucleotide database file功能建立本地DNA数据库,建库的原始数据需要做成fasta格式的,建成的数据库存放在...\bioedit\database文件夹里. 然后用另一种菌的基因序列和基因组本地数据库做blastn或者tblastx(图二),就能找到与这个基因序列相似性较高的contig了. 我的bioedit版本较低,估计也能参考吧. 也可以直接从NCBI下载本地blast相关程序,使用dos命令行操作.