dnaman怎么分析比对结果

文峰泉4452同一植物 蛋白序列进化树 结果怎么看 -
蔡满残15850131863 ______ 你所做的工作应该是寻找某个物种中的某一个基因在其它物种中的同源基因(ortholog)然后再做进化树那种吧.进行多序列比对有许多软件都可以做到,DNAman我用的比较多的是alignment而不是multisequence alignment.给你推荐一些软件,一个是clustalx,一个是MEGA,这两个软件都可以进行蛋白多序列比对,而后者我认为更强大些,还可以进行进化树分析.把你所有从NCBI上找到的CDS导入到软件中(一般做同源分析都是用蛋白质序列).然后用软件进行比对就可以了,结果可以输出为多种形式,比如fasta或者其它格式,软件用法我这里也不多讲了,必须看专用的手册.如果还有不明白就发信息给我

文峰泉4452如何在NCBI中进行基因序列比对,比如小鼠p53基因与人类p53基因的比对 -
蔡满残15850131863 ______ 首先找到小鼠和人类p53基因的序列,然后进ncbi首页,里面靠右的位置popular resources下第一个选项“blast”,打开以后,找“nucleotide blast”.进到那个页面有个框就是让你输序列的,如果要比对两个序列的话,要勾选下面的一个小的单选框“Align two or more sequences ”.就会出现两个框,分别输入人和小鼠的序列.点最下面大大的“blast”按钮,就可以了. 希望对你有帮助,欢迎追问~

文峰泉4452基因序列比较怎么分析? -
蔡满残15850131863 ______ 看你是要对比几条序列了,双序列比对需要BLAST,NCBI上有,也可以在百度搜索本地版的下载下来,多序列比对需要cluxtal X软件, 要把所有基因序列fasta格式放在一起,需要输入所有序列的fasta格式,然后进行多序列联配!

文峰泉4452如何进行系统进化树的构建和分析? 我这有测好的基因序列,但是不知道该怎么构建系统进化树,求高人指点. -
蔡满残15850131863 ______ 首先你需要一个能够对序列进行编辑的软件(比如Mac系统的MacGDE、WIndows的BioEdit、Mega、Genuis、ClusterX等)对整个数据库排序(Alignment),就是把相似的位点放到一起去. 同时你要决定构建树用的方法,一般来说用Maximum Likelihood(Paup)、Bayesian(Mr Bayes),不过在此之前先用Neibour-Joining(快速,不准确)看一看大概情况也是必要的 然后就是把数据库里有Gap的部分切掉,然后放到构建树的程序(Paup、MrBayes等)去做树 具体方法见那些软件的说明书……

文峰泉4452请问拿到测序的结果,怎么找不到引物序列? -
蔡满残15850131863 ______ 你应该在DNAMan上进行比对,看引物能不能比对上(一个不变,一个反向互补),如果比不上,那可能就不是你要的序列,如果能比上,上游以引物第一个为分界线,去除前面的;下有一最后一个为分界线,去除后面的,剩下的就是目的序列.

文峰泉4452设计引物的时候,我比对氨基酸序列,由于保守性很高,老师让我用核苷酸序列比对. -
蔡满残15850131863 ______ 要设计简并引物是么? 最好还是使用CDS序列来做比对,然后根据保守区设计简并引物,CDS两端的非翻译区在物种间变化太大,不适合设计引物. 把获得各个物种的CDS做成fasta格式的,序列最好处理成纯序列格式的不含其它任何字符.然后用比对软件比对一下,如mega,DNAman或者是vector NTI里的比对工具都可以做比对. 在比对结果里找到非常保守的区域就可以设计简并引物了. 设计的简并引物可以根据经验公式自个算Tm值.不用计较打分的问题.因为你只能在保守区设计引物. 图是做的DNA序列比对,有保守区和不保守区.我觉得,引物的3'端最好位于最保守的区域.

文峰泉4452如何使用DNAMAN软件构建ORF图
蔡满残15850131863 ______ 通过 Restriction/Draw map 命令打开质粒绘图界面:将鼠标移动到圆圈上,等鼠标变形成“I”时,单击鼠标左键,出现如下菜单:菜单说明如下:Position 当前位置 Add Site 添加酶切位点 Add Element 添加要素 Add Text 添加文字 Insert ...

文峰泉4452如何查Genebank已经公布的植物rbcL基因序列?然后如何通过这个设计一对引物呢? -
蔡满残15850131863 ______ 学术期刊数据库中查找rbcL基因相关信息,然后找到里面一些物种的rbcL基因序列,用这些序列去GENEBANK中用BLAST这个页面比对一下,会根据与已知序列的相似程度比对出一些物种的rbcL基因序列,挑取你所需要的物种的序列,尽量多点,然后下下来,用DNAMAN或别的生物学分析工具进行比对,会比对出保守区序列,选取保守区序列进行引物设计,先扩增出这段序列,然后进行延伸,进行全基因扩增.

文峰泉4452什么是引物? -
蔡满残15850131863 ______ [编辑本段]概念 引物,是一小段单链DNA或RNA,作为DNA复制的起始点,在核酸合成反应时,作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链,在引物的3′-OH上,核苷酸以二酯链形式进行合成,因此引物的3′-OH,必须是游离...

文峰泉4452从NCBI怎么调取已知酶的RNA序列 有什么软件对几种RNA序列进行对比 -
蔡满残15850131863 ______ 从NCBI怎么调取已知酶的RNA序列:1:NCBI上一般是DNA或者cDNA,你可以先下载DNA,然后通过DNAstar中的EIDTseq转化为RNA.2:可以通过上述RNA直接试试用BLAST检索到其他相关的RNA.3:试用DNAstar中的ALIGN进行序列比对.