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生信工具小课堂|NCBI：保守结构域
生信工具用的好，研究发文少烦恼。小编给大家介绍下寻找蛋白质结构域的小工具，它简单高效、一键搜索。轻轻松松从蛋白质序列中挖掘出那些隐藏的宝藏——结构域信息。
什么是结构域？
结构域是蛋白质中一系列在进化中保持相对不变的功能性区域。通过在蛋白质序列中识别这些保守结构域，可以更好地理解蛋白质的功能和进化。
CD和CD-search是什么？
CD（Conserved Domain）是NCBI提供的一种用于查找保守结构域的工具。
CD-Search 的主要功能包括：
Conserved Domain Database (CDD)： CD-Search使用NCBI的Conserved Domain Database，这是一个包含已知结构域的数据库。
结构域识别： 用户可以提交蛋白质序列，CD-Search会对该序列进行分析，识别其中的保守结构域。
结构域注释： 工具提供有关查询序列中结构域的信息，包括结构域的名称、位置以及与数据库中其他蛋白质的相似性。
多模式搜索： CD-Search支持多模式搜索，用户可以选择不同的搜索模式来获取更详细的结果。
结果解释： 结果以图形和表格的形式展示，便于用户理解和解释。
CD-Search到底有多好用？
使用CD-Search 有助于研究者理解蛋白质的功能，特别是那些在不同生物中高度保守的结构域，这些结构域通常对蛋白质的基本功能起到关键作用。
干货来了，具体操作步骤如下：
输出结果：
Name： 保守结构域的名称或标识符，也可以是结构域的通用名称。
Accession： 保守结构域的数据库访问号。
Description： 保守结构域的描述性信息， 提供了关于保守结构域功能、结构和可能的生物学意义的文字描述。
Interval： 保守结构域在蛋白质序列中的起始和结束位置。
E-value： 表示匹配的期望值，E-value 越小，表示匹配更显著，更有生物学意义。
上述只能输入少量的序列，不能批量处理读入序列文件
使用Batch CD-Search
结果：
Query： 查询序列的标识符或名称。
Hit type： 表示匹配的保守结构域的类型， 可能的值包括 Domain, Family, Motif, 等，用于描述匹配的保守结构域的种类。
PSSM-ID： 保守结构域的位置特定得分矩阵 (PSSM) 的标识符。
From： 保守结构域在查询序列中的起始位置。
To： 保守结构域在查询序列中的终止位置。
E-Value： 表示匹配的期望值，值越小，匹配越显著。
Bitscore： 用于衡量匹配质量的分数，分数越高，表示匹配的质量越好。
Accession： 保守结构域的数据库访问号。
Short name： 保守结构域的简称或标识符。
Incomplete： 表示结构域是否为不完整。
Superfamily： 保守结构域所属的超家族。
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寇竖祁13229601781 ______ 首先打开NCBI网站首页,然后在search一栏中选择nucleotide,在框中输入你要的基因序列名称,点击search就行.然后会出来很多结果,因为很多基因是同名的,或是一个基因在不同种属中不一样,寻找你要的基因序列就行了.注意的是,要确定你的基因名称是否是统一的.