高保真聚合酶
近日，华大智造发布了新一代StandardMPS 2.0（简称SM 2.0）测序试剂，该产品不仅使得测序数据的产量和Q30等参数均获得有效提升，而且使DNBSEQ平台的测序质量达到了Q40(>85%)。
StandardMPS 2.0测序试剂的发布,将开启基因测序行业测序质量达Q40的时代，可为全球用户带来全新的产品体验。本文总结了SM 2.0测序试剂搭配不同DNBSEQ测序平台得到的测试结果，并涵盖两家早期用户基于SM 2.0的实测表现。数据显示，华大智造StandardMPS 2.0测序试剂可使得DNBSEQ测序平台中＞85%的碱基测序质量达Q40，全基因组测序(Whole Genome Sequencing,WGS)、单细胞以及微生物研究均可受益于测序数据质量的提升。
StandardMPS 2.0如何实现Q40？
DNA 聚合酶和MDA 酶优化经过不断地筛选与测试，采用了具有更高聚合效率的DNA 聚合酶以及拥有更好二链置换功能的 MDA（多重置换扩增）酶。
dNTP 优化通过优化dNTP上的荧光染料，降低碱基之间的crosstalk， 从而提升碱基识别的准确度。
Q值表优化利用高保真酶和PCR-Free建库方法，降低上游实验引入的错误，用更准确的模型训练，提高数据的解读精度，生成更精确的Q值表。
多平台适配StandardMPS 2.0适配多款测序仪(DNBSEQ-G99，MGISEQ-2000，DNBSEQ-T7等)以满足用户不同的应用场景需求。
测序质量达到Q40意味着什么？测序质量达到Q40代表碱基识别准确度达到了99.99%级别1，从Q30 （99.9%）的碱基识别质量跃升至新的高度。测序质量达到Q40将为科学研究和临床应用等提供更多可能：如更准确地检测低丰度碱基，进而促进肿瘤学研究中的低频突变2、传染病研究中的低频耐药突变3、液体活检中的新型生物标志物如ctDNA4, 5的发现。同时，测序质量达到Q40也有助于WGS研究中的SNP（单核苷酸多态性）及InDel （插入 / 缺失）等变异的发现6，提高细菌等微生物的鉴定准确度7等。实测数据：可促进WGS、单细胞及微生物等研究
数据来源：华大智造内测测序平台：DNBSEQ-G99, MGISEQ-2000, DNBSEQ-T7
应用方向：WGS，肿瘤检测
测序质量获得极大提升
SM 2.0搭配不同DNBSEQ平台（DNBSEQ-G99, MGISEQ-2000以及DNBSEQ-T7）Q40超过85%。Total reads数，Q30及其他测序数据参数相较于上一代试剂SM均有提高（表1），测序质量达Q40的碱基比例显著增加（图1）。表1. SM 2.0可显著提高DNBSEQ测序平台的数据质量。注：ESR(%)：Effective Spot Rate，ESR=(Total Reads / DNB Number)×100%；以上文库均为E. coli 文库。图1. SM 2.0显著提升DNBSEQ平台测序数据质量。SM或SM 2.0搭配DNBSEQ-G99(A)、MGISEQ-2000(B)或DNBSEQ-T7(C)得到的不同Q值下的碱基比例分布；SM 2.0搭配MGISEQ-2000(D)或DNBSEQ-T7(E)所获测序数据质量与其他厂商测序平台的比较分析。其中A为E. coli 文库，B-E均为NA12878文库。有效提高WGS研究中的变异检测效率
SM 2.0搭配MGISEQ-2000对SNP和InDel检测的准确度超过行业同类平台，分别达到了99.8%和99%(图2A)。测序质量的提升亦降低了对数据量的需求，达到30×平均测序深度所需的原始数据量显著低于120 Gb的行业标准以及行业同类平台所需数据量(图2B)。
图2. SM 2.0搭载DNBSEQ测序平台可极大提高WGS研究中的SNP/InDel检测精度，并降低所需测序数据量。以上测序文库均为NA12878文库。
数据来源：Xpress genomics测序平台：MGISEQ-2000
应用方向：单细胞RNA测序 (scRNA-seq)
加速单细胞测序的应用拓展在单细胞测序场景下，相较于上一代测序试剂SM，SM 2.0搭配MGISEQ-2000使测序质量达Q40的碱基比例高达90.88%。得到的高质量reads (Total Reads)更多，比对率（Mapping rate）更高，错误率（Mismatch rate）更低，对特异等位基因表达水平的检测更为准确。Xpress Genomics公司首席执行官Christoph Ziegenhain表示：“我们对StandardMPS 2.0测序试剂的发布感到激动，它能够将测序质量提升到Q40。它的早期测试数据表现非常出色，这有助于我们拓展单细胞测序的应用。”数据来源：Ambiogen测序平台：DNBSEQ-T7
应用方向：微生物研究，宏基因组测序
强效助力微生物领域研究
在微生物研究领域，SM 2.0搭配DNBSEQ-T7可使Q40高达90.75%，Q30亦提升至94.22%。
Ambiogen公司首席执行官Maike Seifert表示：“在宏基因组测序的早期测试中，StandardMPS 2.0试剂表现出卓越的Q40测序质量。它让测序数据具有很高的准确性和可靠性，能够帮助我们对复杂微生物群落进行更精确的分析和研究。”
结 语以上实测数据表明，华大智造StandardMPS 2.0测序试剂可使得DNBSEQ测序平台中＞85%的碱基测序质量达Q40，WGS、单细胞以及微生物研究均可受益于测序数据质量的提升。StandardMPS 2.0测序试剂搭配DNBSEQ平台测序可进一步提升测序质量，降低测序成本，这对于深入解析生物体内错综复杂的生物学过程至关重要，将极大地推动高通量测序技术在肿瘤学研究、传染病领域、遗传病诊断等领域的广泛应用。华大智造始终致力于通过提供先进的生命科技核心工具赋能全球用户及行业发展。StandardMPS 2.0测序试剂面向全球发布，已适配DNBSEQ-T7、DNBSEQ-G99、DNBSEQ-G400（该产品在境内销售名称为MGISEQ-2000）等多款测序平台，将在各个区域市场陆续上市。华大智造分布全球的服务团队将及时、持续为用户提供安装、升级、维护、培训等保障服务，更多信息请与我们联系（4000-688-114） 或联系当地销售人员。参考文献
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·(华大智造)
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