怎么用ncbi比对两个序列

容刘艺3082如何向NCBI提交序列 -
牛斧岭14772052189 ______ 1.整理序列信息:包括病原采集地、病原的寄主、寄主症状、采集人等基本信息;还有序列分析结果,包括序列全长大小,开放阅读框(ORF)的长度、位置及特定ORF序列翻译的氨基酸 序列等基因水平的信息,这对于接下来的快速准确提交序...

容刘艺3082如何在NCBI上查到某个给定基因的序列,并且在序列中清楚的显示出其中的外显子和内含子? -
牛斧岭14772052189 ______ 在NCBI上的OMIM数据库输入基因名,在TITLE上就会显示它的学名. 用学名检索基因是比较靠谱的.建议用ENSEMBL找基因,显示其外显子和内含子.进入ENSEMBL的方法有两种,1.NCBI上进入基因的检索条以后,summary里会有相应的ENSEMBL的链接(see related);2.直接进入ENSEMBL主页检索该基因.进入基因的检索条以后,点左侧的CDNA和EXONS就能相应地看到转录本的注释信息,包括外显子和内含子的注释,5'和3'UTR的注释,和密码子的注释.

容刘艺3082测序结果如何知道是不是自己想要的目的片段,如何比较!
牛斧岭14772052189 ______ 对于测序结果您首先应核对的载体是否正确,其次是您克隆之前PCR特异性引物是否能找到,如果这两个条件满足的话,就可以确认是您的东西了. 至于插入片段是否与您预期的一致,那么可以在NCBI中将测序结果与您的目的序列进行BLAST比对,看匹配度;也可以在一些比对软件中,例如“DNASTAR”等中进行拼接比对.

容刘艺3082想问下各位高人,设计引物时没有所找物种的基因序列,想问下怎么进行多物种序列比对,找到相对保守区域呢
牛斧岭14772052189 ______ 找近缘种,越近越好,的那个基因 都下下来 ncbi或软件都可以比对,找高度保守区 具体操作为,蛋白序列和DNA序列都下,从连着7-8个蛋白保守区处比着DNA设计引物, 如果有四个是G,两个是A就选G, 要是一半一半就设计简并引物. 一个引物简并引物不能超过3个!

容刘艺3082菌种16sRDNA测序,NCBI比对结果怎么分析 -
牛斧岭14772052189 ______ 1、16S rRNA 普遍存在于原核生物中.rRNA 参与生物蛋白质的合成过程,其功能是任何生物都必不可少的,而且在生物进化的漫长历程中保持不变,可看作为生物演变的时间钟. 2、在 16S rRNA 分子中,既含有高度保守的序列区域,又有中度保守和高度变化的序列区域,因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究. 3、16S rRNA 的相对分子量大小适中,约1 540 个核苷酸,便于序列分析. 4、可变区序列因细菌不同而异,恒定区序列基本保守,所以可利用恒定区序列设计引物,将16S rDNA片段扩增出来,利用可变区序列的差异来对不同菌属、菌种的细菌进行分类鉴定.

容刘艺3082NCBI中双序列比对BLAST结果相关问题 -
牛斧岭14772052189 ______ 你这匹配一致性都算不上高的,当然我也不知道你匹配的是什么了. 个人理解:覆盖率高但一致性低,说明两个序列本身的一致性就很低,进化亲缘性远 覆盖率低但一致性高的话,可能在进化上还是有一定亲缘性的,只是某个片段存在较多的缺失或者某个存在较多的增加了.

容刘艺3082细菌16S rDNA 序列比对,谢谢 -
牛斧岭14772052189 ______ 这么说吧,NCBI是个乱七八糟的地方,很多序列是不可信的.你只看匹配率就行了,其他不用管.比如我分离得到的一个新的细菌,比对之后发现最相近的是是E.coli,但是其实相似度最高也不过92%,换句话说,我分离得到的这个细菌根本不...

容刘艺3082同一种酶不同物种中的基因如何进行多序列比对? -
牛斧岭14772052189 ______ 你所做的工作应该是寻找某个物种中的某一个基因在其它物种中的同源基因(ortholog)然后再做进化树那种吧.进行多序列比对有许多软件都可以做到,DNAman我用的比较多的是alignment而不是multisequence alignment.给你推荐一些软件,一个是clustalx,一个是MEGA,这两个软件都可以进行蛋白多序列比对,而后者我认为更强大些,还可以进行进化树分析.把你所有从NCBI上找到的CDS导入到软件中(一般做同源分析都是用蛋白质序列).然后用软件进行比对就可以了,结果可以输出为多种形式,比如fasta或者其它格式,软件用法我这里也不多讲了,必须看专用的手册.如果还有不明白就发信息给我

容刘艺3082mega做进化树怎么分类 class -
牛斧岭14772052189 ______ MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化遗传分析. MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等.MEGA 还可以通过网络(NCBI)进行序列的比对和数据的搜索. 打开 选择...

容刘艺3082如何寻找两个基因间的序列 -
牛斧岭14772052189 ______ 首先你要确定这两个基因确实在同个染色体或者质粒上,然后距离是多少?如果距离太远,要先用GenomeWalker 缩短空白序列,然后试着用PCR.如果是人体基因,就直接Blast.http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi